在表观遗传学研究中，精确定位转录因子结合位点是揭示基因调控网络的关键环节。尽管ChIP-seq已成为该领域的经典方法，但它存在样本需求高、背景噪音大等局限。近年来，Cleavage Under Targets and Tagmentation（CUT&Tag）技术因其高灵敏度、低起始细胞量和单碱基分辨率的优势，正逐步成为研究转录因子（TF）结合位点的理想选择。

一、CUT&Tag定义

CUT&Tag是一种基于抗体的染色质原位酶切技术，用于研究DNA与蛋白质的结合模式，特别适用于识别转录因子、组蛋白修饰等结合位点。它融合了CUT&RUN的酶切优势与ATAC-seq的转座酶标签策略，在细胞内即可完成靶点识别与文库构建，大幅提升了数据质量与效率。

1、抗体识别靶蛋白：先通过一抗识别特定转录因子，再用带Protein A/G的融合酶（如pA-Tn5）结合抗体；

2、转座酶激活：添加Mg²⁺激活pA-Tn5，将接头序列直接整合到目标DNA区域；

3、文库扩增与测序：释放DNA片段后即可进行文库PCR和高通量测序。

二、选择CUT&Tag研究转录因子结合位点的原因

1、极低背景噪音

CUT&Tag在细胞内原位反应，避免了ChIP-seq中复杂的交联、超声步骤，从而显著降低非特异性结合和背景信号。

2、极低起始细胞量（<1万甚至单细胞级别）

相比ChIP-seq动辄需要上百万细胞，CUT&Tag仅需数千细胞即可获得可用数据，非常适合稀有细胞群体或临床样本。

3、高分辨率（<10 bp）

通过Tn5转座酶的精准插入特性，CUT&Tag能够定位到转录因子结合位点的单碱基级别，利于后续motif分析和调控机制挖掘。

4、更短流程周期

整个实验流程通常在两天内完成，极大提高实验通量，降低时间与人力成本。

三、实验流程详解：从样本到测序文库

1、细胞固定与包被磁珠

将细胞轻度固定（也可不固定），并通过磁珠包被，提高后续洗涤纯度与稳定性。

2、靶向抗体孵育

加入一抗识别目标转录因子，随后加入融合有pA-Tn5的二抗进行桥接。

3、Tn5激活与标签插入

添加Mg²⁺激活Tn5，使其将带有测序接头的片段定向插入目标DNA区域。

4、DNA提取与文库PCR扩增

提取带标签的DNA片段并进行文库构建，常规建库流程兼容Illumina平台。

5、高通量测序与数据分析

进行PE测序后，通过比对、peak calling、motif分析等步骤，最终获得目标转录因子的结合位点信息。

四、数据分析策略与关键指标

CUT&Tag数据分析侧重于高精度定位与motif富集，以下是几个关键步骤：

1、数据预处理

fastp质控、bowtie2比对、重复序列过滤；

2、peak calling

使用MACS2识别结合峰；

3、motif分析

HOMER/ MEME等工具识别核心motif；

4、结合位点注释

ChIPseeker/ ChIPpeakAnno标注到基因组功能区；

5、可视化

IGV浏览、heatmap聚类、meta profile等图像展示。

五、应用场景：CUT&Tag在转录因子研究中的多维价值

1、解析信号通路中的关键调控因子

通过CUT&Tag锁定下游靶基因，揭示TF调控的转录网络。

2、肿瘤异质性分析

利用单细胞CUT&Tag对肿瘤微环境中的不同细胞群体进行TF结合位点定位，识别潜在药物靶点。

3、药物作用机制验证

对比处理前后转录因子结合谱的差异，验证小分子药物或干预手段对转录调控的影响。

4、干细胞/分化研究

追踪干细胞发育过程中关键TF的动态结合位点变化。

六、百泰派克生物科技的CUT&Tag解决方案

在百泰派克生物科技，我们提供从实验设计、样本制备到数据交付的一站式CUT&Tag服务，服务优势包括：

1、专业的抗体筛选与验证流程，保障靶点特异性；

2、自建标准化实验平台，兼容细胞系、原代细胞、组织样本；

3、多级质控与生信分析，输出可发表级图谱与注释结果；

4、支持单细胞CUT&Tag与多组学联合分析（如RNA-seq、ATAC-seq、Hi-C等）。

随着转录组学和表观遗传学的不断深入，CUT&Tag作为一种高效、灵敏的技术，正在重塑我们对转录因子调控机制的理解。如您有兴趣了解更多或定制CUT&Tag服务，欢迎访问百泰派克官网或咨询我们的技术专家。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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